Процесс очистки важен не только для обеспечения пожарной безопасности, но и для соответствия санитарно-эпидемиологическим стандартам. Вентиляционные системы, как правило, накапливают не только воспламеняющиеся вещества, но и микроорганизмы. Эти микробы легко распространяются по воздуху, что может привести к развитию различных заболеваний, таких как туберкулез и астма.
Удаление горючих отходов и бактерий достигается путем очистки вентиляционных каналов. Промышленные предприятия, предприятия общественного питания и другие объекты, где оборудование способствует скоплению воспламеняющихся веществ в воздуховодах, обязаны проводить регулярную очистку и дезинфекцию вентиляционных систем.